马云在早期努力想得到政府对他新创企业的支持。

在一个片名为“扬子江中的大鳄”纪录片中，呈现了一个在20世纪90年代，马云登门拜访北京的一家官方机构的场景。马云那时穿了一个带领儿的粗朴T恤，坐在政府办公室里一个四四方方的老式手提电脑旁，给穿着夹克打着领带带着眼镜的官员讲解他的企业情况。

马云对这个官员解释道：“现在，外国人可以使用任何一台电脑搜到全世界各国的产品，他们可以直接从香港，台湾，新加坡订购产品，但是他们还不能从中国买到任何产品，因为现在中国的互联网上什么都没有”。

但是马云的热情被断然拒绝了，他不久后于1997年离开了中国黄页，任职于中国商务部的一个部门帮忙创建网站。在1999年早期，他又打算出来自己创业，于是创办了阿里巴巴。

这家公司创建的第一个网站是alibaba.com。这个网站是一个B2B的平台，将中国的出口商与海外的买家联系起来。不像那时中国的大部分网站一样，这个网站并没有复制西方公司。

1999年，阿里巴巴公司吸引了蔡崇信的加入，蔡崇信出生于台湾，先前是名律师，在耶鲁受的教育，供职于香港的一家私人股本企业。马云和蔡崇信一起引来了高盛投资和软银作为阿里巴巴的投资人。

早期，马云作为一个战略家应用着自己的技能。他在2003年开办了淘宝网，这是一个C2C平台，当时ebay中国部主导者中国市场。为了抢占市场份额，马云决定淘宝免费开放，尽管这是一个烧钱的平台。

Erisman，这个纪录片的创作人说到：“对于ebay，他看起来就像是一个傻子，一个愚蠢的人，从一个华尔街投资者的角度来看，他愿意让阿里巴巴打败ebay，-----与一个聪明的竞争者相比，更坏的事情，莫过于一个疯子愿意花掉自己所有的钱参与到毫无希望的利益争夺中来”

它奏效了，在2005年的一次新闻会议上，马云告诉记者：“淘宝已经赢得了中国网上购物市场份额的70%。不久，我们就是独占鳌头的企业，ebay在中国的日子屈指可数了”，2006年，ebay宣布将退出中国市场，并将业务整合到由香港富豪李嘉诚控股的互联网公司。

马云曾经在谈到他年轻时候的经历时表示：“我曾经想过我要是生在一个战乱的年代，我会是一个将军，我想我在战争中能够获得什么”

当公司筹划上市进展的时候，马云将精力放在了他的公益事业方面。

他依然是阿里巴巴的执行总裁兼战略家，但是在2013年5月，他从执行总裁的位子上卸任下来。第二天，他就宣布他被任命为中国大自然保护协会董事会主席。他日益开始关注中国的水土污染情况，他认为中国的水土污染是他岳父得癌症的一个诱因。

在四月末，马云和蔡崇信，宣布将阿里巴巴2%的股份捐赠出来，金额相当于好几十亿美金，捐赠给公益基金会，用来支持环境，医疗和教育。这样的大型捐赠在中国很少见，此举引来了其他著名慈善家，包括比尔盖茨，巴菲特，布隆伯格在内的一片喝彩。

一位与马云有十几年交情的西方执行总裁(并不愿透露姓名，因为他们公司有政策不允许在商业接触上对公众说出自己的名字)，说道：“马云不是那种把公司90%的资产都把在自己手中的人，也不会囤积自己的财富”。

这就好像是在最初，当alibaba.com网站首次建立的时候，他就把自己的股权分给与他一起工作的高中学生。他总是带动大家一起致富。(李林)